Die Kirche ist Grabstätte des Bischofs von Meißen Johann IX. und enthält barocke Epitaphien.
Aus den Erträgen der erschlossenen Blei- und Silbermiene Scharfenberg bei Meißen war der Bischof von Meißen, Johann der IX. von Haugwitz, im Jahre 1225 in der Lage, eine eigene Kirche für seine neue Siedlung bauen zu lassen. Der Bau war 1236 vollendet. In der Chronik wird ein kunstvoll ausgeführter Holzturm erwähnt. Nach meißnerischer Tradition wurde der Bau dem Schutzpatron des Bistums, dem Evangelisten Johannes, geweiht. Die Johanniskirche ist zwar als Pfarrkirche geführt worden, war aber bis 1856 Filiale der Marienkirche und nur mit einem Diakon besetzt. In den Schriften nannte man sie deswegen die Newe Capelle zu Nauwen Mögeln (die neue Kapelle zu Neu-Mügeln). Sie ist Grabstätte des Bischofs von Meißen Johann IX. und enthält barocke Epitaphien. Bereits im Jahre 1539 wurde hier das erste Mal lutherisch gepredigt. Die Johanneskirche Mügeln ist Station am Lutherweg Sachsen.
Mügeln ist Station am sächsischen Lutherweg.